Відомі ізотопи цирконію з масовими числами від 78 до 110 (кількість протонів 40, нейтронів від 38 до 70) та 6 ядерних ізомерів. Природний цирконій є сумішшю п'яти ізотопів.
40Цирконій / Атомний номер
A) нейтронів 48,протонів…
Атом цирконію Zr I відноситься до елементів V періоду, у яких починає заповнюватися 4d-оболонка. Його електронна структура містить 40 електронів на 10 оболонках, з яких 38 повністю заповнили 9 оболонок і дві починають заповнювати 4d2 оболонку. Основний терм – a3F2 – 4 конфігурації 4d25s2.